Вопрос: При выгрузке приказа в ФИС:
Ошибка код 1. В заявлении отсутствуют результаты вступительных испытаний, обязательные для данной конкурсной группы
Магистры, комплексный экзамен. Ведомость есть, оценки есть - в ФИС ничего не уходит.

Ответ: "не уходит" - значит не загружается в ФИС из заполненного xml или не выгружается в xml?
Если первое, то скорее всего заявления с результатами вступительных испытаний Вы передаёте как принятые, а нужно как новые, а потом как принятые. Т.е. загружаем заявления 2 раза подряд, первый раз с флажком "новые".