Оформление успеваемости зависит только от учебного плана - какие дисциплины Вы в нем заложите, по таким затем успеваемость и сможете проставить.
Поэтому проблем быть не должно, просто укажите все нужные дисциплины в рабочем плане первого учебного года.



А вот это (по крайней мере у нас) считают методически неверно.
У нас такая же ситуация. Да, студенты учатся с группой третьего курса, но по факту они на втором.
У нас: у основной группы учебный план на 5 лет, у этих студентов план на 4 года (1-2 годы плана основной группы по содержанию совпадают с планом первого года ускоренной группы, 3-5 годы плана основной группы совпадают с 2-4 годами ускоренной группы). Учатся они в одной группе, но на разных курсах. Если таких ускоренников много, то лучше выделить их в отдельную группу в рамках системы, чтобы легче было распределять нагрузку.

Если Вы все таки захотите делать им пропуск второго курса, то придется делать план на 5 лет, где делать фейковый второй курс (при переводе нужно будет через него перескочить). Но может возникнуть проблема с договорниками, т.к. график платежей будет построен не на 4 года, а на пять.