Вопрос: Хотелось бы узнать, возможно ли как то задать порядок дисциплин при формировании дипломов?

Ответ: Создать документ "Порядок дисциплин в приложении".

Вопрос: В этому документе всё правильно настроено, но порядок на выходе отличается от того что задан в документе.

Ответ: Проверьте дату этого документа, чтобы она была раньше самого диплома.

Вопрос: Дата документа указана 01.01.2017, а дипломы 2019 года.

Ответ: Проверьте как в настройках Университета задается приоритет настроек сортировки.
Скриншот:


Также посмотрите регистр сведений "Настройки дипломов". Лучше оставить только одну глобальную настройку на позднюю дату - удалите более ранние, а последнему по дате откорректируйте на начальный период, например 01.01.2000.